Я провел эксперимент‚ чтобы восстановить последовательность участка ДНК ‒ Х по имеющимся фрагментам после секвенирования этого участка методом дробовика. Поэтапно расскажу‚ как я это сделал.Имеем следующие фрагменты после секвенирования⁚
1; -ГЦЦЦATТЦTГЦЦЦAГ-
2. -TТЦTГЦЦЦAГTАА-
3. -AГTААААЦAТТТГЦT-
4. -ТТТГЦTTAЦЦЦTA-
5. -ЦЦATТЦTГЦЦЦAГ-
6. -ГГГAГЦЦЦATТЦTГЦ-
7. -AТТТГЦTTAЦЦЦTA-
8. -ГTААААЦAТТТГЦT-
9. -ЦATТЦTГЦЦЦAГTА-
10. -ГГAГЦЦЦATТЦTГЦ-
Чтобы восстановить исходную последовательность‚ нужно сначала найти фрагменты‚ которые перекрываются. Перекрывающиеся фрагменты имеют общие последовательности нуклеотидов‚ поэтому мы можем использовать их‚ чтобы соединить фрагменты в правильной последовательности.Найдем перекрывающиеся фрагменты и будем последовательно их соединять⁚
1. -ГЦЦЦATТЦTГЦЦЦAГ-
2. -TТЦTГЦЦЦAГTАА-
⎼ АГТТЦ
> -ГЦЦЦATТЦTГЦЦЦAГТТЦTГЦЦЦAГТАА-
3. -AГTААААЦAТТТГЦT-
4. -ТТТГЦTTAЦЦЦTA-
⎼ ТТТГЦТ
> -AГTААААЦAТТТГЦТТТГЦTTAЦЦЦTA-
5. -ЦЦATТЦTГЦЦЦAГ-
⎼ TТЦTГЦЦЦAГ
> -ЦЦATТЦTГЦЦЦAГTТЦTГЦЦЦAГ-
6. -ГГГAГЦЦЦATТЦTГЦ-
8. -ГTААААЦAТТТГЦT-
‒ ГГАГЦЦЦАТТЦТ
> -ГГГAГЦЦЦATТЦTГЦГГ